Được lấy bối cảnh hậu câu truyện Sonic Forces, cuộc chiến cuối cùng giữa đế chế Eggman và Sonic tưởng chừng đã kết thúc. Nhưng không, dẫu Eggman mất tích sau trận chiến ấy, các đợt tấn công của Badnik gia tăng đáng kể. Đám Robot dường như tấn công có tổ chức hơn, như thể có ai đó đứng sau màn kịch điều khiển bọn chúng. Sonic và những người bạn vẫn tiếp tục "chạy" để đi tìm bí ẩn đó.
